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Hoechst是一類DNA染料，與DNA雙鏈中的小溝（minor groove）結合，可穿過細胞膜，可結合于活細胞或固定過的細胞，因此可用于活細胞標記，可用熒光顯微鏡檢測形態學的細胞凋亡情況。
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堿性磷酸酶染色
測定中性粒細胞內堿性磷酸酶活性。當粒細胞內有堿性磷酸酶存在時，在緩沖液（pH9.0－9.8）中，可將溫育液中的底物（β甘油磷酸酶）水解為磷酸根和甘油，磷酸根再與硝酸鈣中的Ca2＋結合為磷酸鈣沉淀，此沉淀物再與硝酸鈷、硫酸銨等起一系列化學反應，Z后生成不溶性的黑色硫化鈷（CoS），定位于酶活性所在部位。
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剛果紅染色法
剛果紅能與培養基中的纖維素形成紅色復合物。當纖維素被纖維素酶分解后，剛果紅——纖維素的復合物便沒法形成，培養基中會出現以纖維素分解菌為中心的透明圈，通過是否產生透明圈來篩選纖維素分解菌
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Von Kossa染色
Von Kossa’s礦化結節染色法 原理是將礦化基質中的磷酸鹽（鈣）、碳酸鹽（鈣）轉變為磷酸銀、碳酸銀，然后用日光、紫外線或強還原劑使其還原為黑色的金屬銀。本試驗染色過程中未作細胞襯染。
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EVG染色全稱VERHOEFF’S VAN GIESON染色，能顯示黑色彈性纖維與紅色膠原纖維,一些彈性組織萎縮的肺氣腫病例,動脈粥樣硬化的彈性纖維變薄和缺失,及其他血管疾病,或者是隨著年齡的增加皮膚的彈性纖維發生裂隙或破碎等改變,并使皮膚松弛和形成皺紋等等均可使用此方法進行鑒別。
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Van Gieson（VG）染色
膠原纖維在HE染色法被染成粉紅色，除此之外，它還可以用一些陰離子的染料來進行染色，如用淡綠可把它們染為綠色，用甲苯胺藍可將其染為藍色，在網狀纖維染色中，如不加以處理，它又可被染為棕黃色。常用的特殊染色法有Van Gieson.Masson和Mallary等方法。在免疫細胞化學染色中，膠原纖維由于含的負電荷過多，常導致某些非特異性的染色，應特別注意。
